Con el tiempo, el cristianismo tomó mucha fuerza y reconocimiento. Pero no fueron iglesias las que surgieron, sino grupos paganos con prácticas cristianas, y muchas iglesias se vieron influenciadas por el paganismo, y se desviaron, perdiendo su candelabro.
El crecimiento rápido de las iglesias durante los primeros siglos, lograron unos 500.000 miembros para finales del primer siglo, y ya para finales del siglo tercero, habían entre 5 y 10 millones de cristianos. Había tiempos cuando mucha gente, de procedencia pagana, se convirtió, pero las iglesias no las discipularon bíblicamente, y su fe era débil y sincretista.
Con el tiempo, ocurrió una persecución implacable, y en diferentes tiempos y distintas regiones, venían persecuciones contra los creyentes de muchas maneras. La persecución más feroz sucedió bajo el Emperador Diocleciano (303-312 d.C.), y a causa de estas persecuciones, surgieron problemas en y entre las iglesias, con respecto a aquellos que habían negado la fe para salvar su vida.
La unión de la Iglesia con el Estado
Constantino el Grande hizo del cristianismo una religión lícita por primera vez en la historia. Él otorgó muchos favores a ciertos obispos, convocó el Concilio de Nicea en 325 d.C. e hizo mucho para fomentar la unión de la iglesia con el estado.
Sínodos y Concilios
Muchas veces cuando surgieron problemas doctrinales (p.e. la deidad de Cristo/arrianismo – Concilio de Nicea, 325; el canon del Nuevo Testamento – Sínodo de Cartago, 397; etc.) y/o prácticas polémicas, se convocaron «sínodos» (reuniónes regionales de los obispos) y concilios «universales» a los cuales invitaron a los obispos (pastores) de todo el Imperio Romano.
Surgieron Rivalidades
Pronto surgió una rivalidad entre los obispos de las iglesias de Antioquía, Alejandría y Roma sobre su poder e influencia (Obispo de Roma logró la primacía en s. 4). Más tarde se incluían también los obispos de Constantinopla y de Jerusalén. Pero después del surgimiento de los mahometanos sólo quedaron los obispos de Roma y Constantinopla, los cuales se excomulgaron mutuamente en el siglo XI.
La perversión de la sana doctrina
El bautismo sufrió muchos cambios a partir de la segunda mitad del siglo II. Se cambió el propósito bíblico del Bautismo en Agua, y empezaron a atribuir a las aguas del bautismo unos poderes mágicos. El símbolo del lavamiento y de la regeneración se convirtió en un acto externo visible. El bautismo llegó a ser considerado como parte fundamental de la salvación, y se le llamó «sacramento», como aquello que puede ofrecer una gracia santificante.
Unido a esto, y bajo la enseñanza de que la salvación del pecador debía incluir su bautismo, algunas personas, hacia finales del segundo siglo, preguntaron acerca del destino de los niños que mueren en la infancia. Aunque tardó varios siglos en llegar a ser una práctica común, el bautismo infantil o paidobautismo, se impuso como norma dentro de la Iglesia Católica.
Cómo ocurrio esto
El principio del cambio comenzó cuando Novaciano (s. III) deseaba ser bautizado en su lecho de muerte. Llevaron la cantidad de agua necesaria para una inmersión normal y lo vertieron encima. De ahí sólo fue un paso al rociamiento de agua sobre la persona a ser bautizada. Para finales del siglo IX el bautismo infantil por rociamiento era la práctica común entre las iglesias, aunque siempre ha habido excepciones.
Cambio de Autoridad
Cristo dio la autoridad para bautizar a la iglesia, no a individuos. Pero algunos obispos, como Cipriano (s. III), declararon que los mismos obispos (pastores) eran la Iglesia, porque tenían en su poder la administración de los sacramentos, y podían admitir y excomulgar a los miembros. Aunque en parte esta verdad se aplica a la autoridad pastoral en asuntos de doctrina, la autoridad bíblica de Bautizar pasó de la asamblea local, como Cristo enseñó, a los sacerdotes. Esta práctica se mantuvo dentro del Protestantismo Reformado.
La Cena del Señor
La Cena del Señor también sufrió muchos cambios durante el mismo período. Pronto el memorial de la muerte de Cristo se convirtió en el medio de salvación. Más tarde el rito sería llamado un sacrificio incruento (sin sangre) hecho por un sacerdote. Y esto llevó a consideraciones teológicas severas:
Los elementos:
Llegaron a creer que los elementos obtenían un poder mágico cuando fueran bendecidos. El pan se convirtió en el mismo cuerpo de Jesús y el vino en su sangre. A esto se le llama «transustanciación». En vez de ser un memorial que lo designó Jesús, la Cena del Señor se convirtió en una forma de recibir la gracia de Dios a fin de poder salvarse. Tanto la Cena del Señor como el bautismo, con el tiempo llegaron a ser llamados sacramentos.
Quien administra los sacramentos
Otra vez la autoridad dada a la Iglesia en sí fue traspuesta a los obispos. Puesto que el ofrecimiento simbólico de Cristo llegó a ser un «verdadero» sacrificio, se creó la necesidad del oficio del «sacerdote» dentro del contexto de la Iglesia. Y como la doctrina más importante, que es la salvación, fue pervertida, no es de extrañarse que otras doctrinas también sufriesen desviaciones (en los primeros 4 siglos) tales como:
La creación de una jerarquía eclesiástica, la adoración de María como «Madre de Dios» y la veneración de los santos como intercesores, el uso de reliquias como medio de recibir favores divinos, la invención de los siete sacramentos como medio de dispensar el clero la gracia salvadora en dosis pequeñas a los feligreses, la transformación del culto a Dios en el sacrificio de Cristo, el uso de la «señal de la cruz», la unión de la iglesia con el estado, y el obispo de Roma se hace papa (cabeza) de toda la Iglesia en sustitución de Cristo